《忍者蝙蝠侠》将蝙蝠侠的故事与忍者元素奇妙融合。故事发生在一个独特的平行世界，哥谭市被邪恶势力笼罩。忍者蝙蝠侠，即蝙蝠侠与忍者文化结合的形象，他拥有蝙蝠侠的智慧和战斗技巧，又融入了忍者的敏捷与神秘。在这个世界里，小丑与日本战国时期的织田信长灵魂融合，成为强大又疯狂的反派。他妄图利用邪恶力量统治世界，引发了一系列混乱。忍者蝙蝠侠联合超人和神奇女侠等正义伙伴，与小丑及其邪恶军团展开了惊心动魄的战斗。他们穿梭于哥谭市的大街小巷和古老的忍者城堡，在一次次激烈交锋中，不断突破困境，最终为了守护正义和哥谭市的和平，与邪恶势力展开了一场决定命运的终极对决。