《反恐疑云》围绕开罗的叙利亚裔化学工程师安瓦尔·艾尔·卡西米展开。他被美国中情局怀疑与恐怖组织有关，在全家度假时被突然带走，押往美国在吉布提的军事基地审讯。中情局特工道格坚信他有罪，对其进行残酷逼供。安瓦尔的妻子娜迪娅为救丈夫，前往华盛顿求助，在律师和人权组织帮助下四处奔走。审讯过程中，安瓦尔坚称自己无辜，道格在折磨安瓦尔的同时内心也逐渐产生动摇。随着调查深入，真相逐渐浮出水面，原来这背后隐藏着复杂的政治阴谋。影片通过这一故事，深刻探讨了反恐背景下的人权、道德和正义问题。