《黑莲花养成手册》围绕慕子期和慕瑶这对兄妹展开奇幻故事。慕瑶本是相府千金，却被人设计，失去了原本的身份和地位，还被众人误解和欺负。而慕子期看似是温润如玉的公子，实则内心藏着不为人知的秘密。在慕瑶陷入困境时，慕子期暗中相助，兄妹俩在相处中感情逐渐加深。然而，他们的生活并不平静，朝堂纷争、家族恩怨不断袭来。慕瑶在一次次的磨难中，从单纯善良的少女逐渐成长为心思缜密的“黑莲花”，她开始反击那些曾经伤害过她的人。慕子期也一直守护在她身边，与她并肩作战，共同面对各种挑战，两人在这过程中也萌生出别样的情感。