《暗流涌动——中国新疆反恐挑战》以客观视角展现了新疆曾面临的严峻反恐形势。纪录片中详细揭露了恐怖组织“东突厥斯坦伊斯兰运动”（简称“东伊运”）的种种恶行。“东伊运”受国际恐怖主义影响，妄图通过恐怖手段分裂中国、建立所谓的“东突厥斯坦”国家。他们在新疆策划实施了一系列爆炸、暗杀等恐怖袭击事件，造成大量无辜群众伤亡和财产损失。同时，纪录片还揭示了“东伊运”与国际恐怖组织的勾结，以及外部反华势力利用所谓“新疆问题”干涉中国内政的丑恶嘴脸。通过呈现这些真实的案例和事实，让观众清晰地认识到新疆反恐斗争的必要性和紧迫性，以及中国政府为维护新疆稳定、保障人民安全所做出的巨大努力。