《X档案：我要相信国语》故事发生在《X档案》剧集结束后的几年。福克斯·穆德隐退多年，达娜·斯嘉丽在天主教慈善医院担任外科医生。此时，一名联邦调查局特工失踪，其搭档找到了斯嘉丽，希望她能说服穆德出山协助调查。穆德起初拒绝，但在斯嘉丽的劝说下决定参与。他们发现案件与一个曾被指控性侵儿童的前牧师有关，此人拥有神秘的超能力，能看到一些常人看不到的东西。在调查过程中，穆德和斯嘉丽遭遇重重危险，既要面对未知的神秘力量，又要应对来自联邦调查局内部的压力。随着真相逐渐浮出水面，他们发现这起失踪案背后隐藏着一个惊人的阴谋，而这个阴谋可能与外星生物有关，两人再次陷入一场充满悬疑与惊悚的冒险之中。