《我们仍未知道那天所看见的花的名字》围绕着一群儿时的伙伴展开。主角宿海仁太在幼年好友本间芽衣子意外去世后，便封闭了自己，与曾经的伙伴们也渐渐疏远。然而有一天，芽衣子的灵魂却出现在仁太面前，她希望仁太能帮自己实现心愿，可她自己也不清楚心愿是什么。为了帮芽衣子达成心愿，仁太重新联络起了安城鸣子、松雪集、鹤见知利子、久川铁道这些昔日好友。在寻找心愿的过程中，大家曾经的矛盾与心结逐渐浮现，比如集对仁太的嫉妒、知利子对鸣子的误会等。但随着一次次的相处，他们慢慢解开了彼此的心结，最终也明白了芽衣子的心愿是让大家重新好好地聚在一起，放下过去的悲伤。最后，芽衣子在大家的注视下安心离去，而伙伴们也带着对她的思念，勇敢地迈向新的生活。