肖恩收到一组发自神秘岛的求救信号，他认定信号来自失踪已久的祖父亚历山大。于是，肖恩说服继父汉克一同踏上寻找祖父的冒险之旅。他们从夏威夷出发，乘坐私人飞机迫降到神秘岛。这座岛充满奇幻生物，有巨型蜥蜴、会飞的狐猴等。他们还遇到了美丽的女孩凯兰尼和她的父亲。在寻找亚历山大的过程中，他们面临诸多危险，比如火山即将爆发，岛屿即将沉没。最终，他们在岛上找到亚历山大。为了逃离即将毁灭的神秘岛，众人齐心协力利用废弃的潜水艇，历经艰难险阻，成功摆脱险境，回到了正常世界。