《数码宝贝6：合体战争》的故事围绕着天野悠马展开，他原本是个普通少年，却意外被卷入数码世界。悠马结识了搭档数码兽多路路兽，他们一同踏上冒险之旅。在这个过程中，数码世界正面临着邪恶势力巴古拉军的威胁，巴古拉军妄图统治数码世界。悠马和伙伴们为了守护数码世界，不断战斗。他们遇到了各种各样的数码兽，有的成为盟友，有的则是敌人。随着剧情推进，悠马等人逐渐掌握了合体进化的力量，能够让数码兽进行更强大的合体。在一次次战斗中，他们不断成长，克服重重困难，最终成功击败巴古拉军，拯救了数码世界，也让两个世界恢复了和平。