《奏光之Strain》的故事发生在一个人类与被称为“Strain”的生物战斗的世界。主角神乐坂公人原本是个普通少年，在一次偶然的机会下，他结识了神秘少女奏光。奏光拥有特殊能力，能与Strain交流。公人在与奏光的相处中，逐渐被卷入了这场人类与Strain的战争。 公人发现自己也拥有与Strain共鸣的能力，他开始和奏光以及其他伙伴一起，驾驶着名为“Strain Fighter”的机体与敌人战斗。在战斗过程中，他们不断成长，也逐渐揭开了Strain背后隐藏的秘密。随着故事的推进，公人等人面临着越来越强大的敌人和艰难的抉择。他们不仅要对抗外部的Strain威胁，还要应对内部的矛盾和阴谋。最终，公人凭借着自己的信念和力量，与伙伴们一起守护了世界和平。