《机动战士高达00第二季》承接第一季剧情，刹那·F·清英等天人组织成员继续驾驶高达，为了消除战争、实现世界和平而战斗。这一季中，世界局势愈发复杂，天人面临着更多强大的敌人。AEU、UNION和人类革新联盟组成了新的联合势力，对天人展开全面围剿。同时，新的高达驾驶者也相继登场，如利冯兹·阿尔马克等，他们有着不同的理念和目的。 在战斗过程中，刹那逐渐领悟到真正的变革并非单纯依靠武力。他与伙伴们在一次次的战斗中成长，也经历了诸多痛苦与抉择。例如，在与VEDA控制的机体战斗时，他们面临着巨大的挑战。最终，经过一系列艰苦的战斗，天人组织成功打破了旧有的秩序，让世界迈向了新的和平阶段，刹那也实现了内心的成长与救赎。