《海军罪案调查处：洛杉矶第十一季》继续围绕特别探员团队展开故事。主角团队包括机智果敢的凯西·琼斯、经验丰富的山姆·汉纳等。在这一季中，他们面临着各种复杂且危险的案件。有涉及海军内部机密文件失窃的案件，犯罪分子手段高明，给调查带来极大困难，团队成员通过细致的线索追踪和高科技手段，逐步揭开背后的阴谋网络。还有恐怖组织企图利用化学武器袭击海军基地的危机情况，团队争分夺秒地阻止灾难发生，与恐怖分子斗智斗勇。同时，团队成员之间的关系也在不断发展，他们在合作中相互信任、相互支持，也会因为意见不合产生小摩擦，但最终都能为了共同目标团结一致，继续守护海军的安全与正义。