《X档案 第六季》延续了前作的神秘风格，主角依旧是联邦调查局探员穆德和史考莉。本季中，他们继续调查各种超自然案件。在“Three of a Kind”这集里，出现了三个拥有超能力的小孩，他们能控制物体、读取他人思想，案件充满诡异色彩。还有“Dreamland”这集，将故事背景设定在神秘的 51 区，穆德和史考莉在此遭遇了外星生物和军方的秘密行动。随着剧情推进，穆德对真相的追寻愈发执着，史考莉则在科学理性与超自然现象间不断权衡。本季不仅有精彩的独立案件，也有贯穿全季的主线剧情，涉及外星阴谋和政府的掩盖，情节跌宕起伏，充满悬念。