在《火影忍者疾风传剧场版：鸣人、魔神与三个愿望》中，鸣人等人遇到了神秘的魔神。这魔神拥有实现三个愿望的能力，它的出现打破了忍者世界的平静。鸣人所在的木叶村也因此陷入了一系列危机。一个邪恶组织企图利用魔神的力量达成不可告人的目的，他们绑架了重要人物，以此要挟鸣人等人。鸣人肩负起保护村子和伙伴的重任，与伙伴们一起踏上寻找魔神、阻止邪恶组织阴谋的旅程。在这个过程中，他们遭遇了重重困难和强大的敌人。但鸣人凭借着坚韧不拔的意志和强大的忍术，一次次化险为夷。最终，鸣人能否成功阻止邪恶组织，合理使用魔神的三个愿望，守护住木叶村和珍贵的伙伴，成为了影片的最大看点。