《太后吉祥》围绕着清朝末年的宫廷展开故事。慈禧太后突然得了怪病，宫中太医们束手无策。为了保命，太医们找来江湖郎中潘世奇。潘世奇误打误撞进入宫廷，他凭借着自己的小聪明和大胆的想法，给慈禧太后治病。在这过程中，他与宫中的太监、宫女等人物产生了一系列啼笑皆非的故事。潘世奇既要应对慈禧太后的喜怒无常，又要躲避太医们的陷害。最终，他巧妙地治好了慈禧太后的病，也在宫廷的经历中收获了一些意外的东西，同时也让观众看到了宫廷生活中荒诞又搞笑的一面。