《游戏王 ARC-V》的故事围绕着少年榊游矢展开。他生活在融合次元，是一名热爱决斗的高中生，以“娱乐决斗”为理念，希望通过决斗给大家带来欢乐。在一次决斗中，游矢意外遇到来自同调次元的神秘转校生柊柚子，由此揭开了不同次元间的秘密。原来存在着融合、同调、XYZ、灵摆四个次元，各次元间因决斗理念不同而产生冲突。游矢与伙伴们为了阻止次元间的战争，踏上了前往各个次元的冒险之旅。在旅途中，他们不断与来自不同次元的强大对手决斗，逐渐揭开隐藏在背后的阴谋。游矢在战斗中不断成长，不仅提升了自己的决斗实力，还结识了许多志同道合的朋友，共同为守护各个次元的和平而努力。