代号47是一名基因克隆杀手，他光头、面无表情，后颈有着独特的条形码文身。他受雇于国际杀手组织，执行各种高难度暗杀任务。此次他接到的任务是刺杀东欧某国的领导人。然而，在执行任务过程中，他意外陷入了一场政治阴谋。该国领导人的情妇妮卡，因知晓一些机密而被各方势力追杀。47在保护妮卡的过程中，逐渐对她产生了别样的情感。同时，神秘组织“ICA”内部也有人对47心怀不满，企图将他铲除。47一边要躲避组织的追杀，一边要带着妮卡摆脱其他势力的围堵，在惊险刺激的逃亡与战斗中，揭开背后隐藏的巨大阴谋。