《空中杀手》的故事发生在一个战争不断的世界，主角御厨银是一名“嘉鲁特”，即被洗脑、忘却过去记忆的飞行员，他们被当作战争的工具，不断驾驶战机参与空战。在基地里，御厨银结识了前辈草薙水素，水素的成熟与独立吸引着他。随着时间推移，御厨银开始对自己的身份和存在意义产生怀疑，他发现“嘉鲁特”们的寿命短暂，不断有人在战斗中死去。在一次任务中，他经历了生死考验，也更加坚定探寻真相的决心。最终，他在与命运的抗争中，逐渐揭开了“嘉鲁特”背后残酷的秘密。