《致命学园爱丽丝》中，有栖川仁乃是个普通高中生。某天，他和朋友突然被传送到一个陌生且危险的东京。在这里，只有完成各种危险游戏，才能获得签证续命，否则就会被清除。有栖川仁乃在游戏中结识了宇佐木柚叶、苣屋骏太郎等伙伴。他们一起面对各种类型的游戏，有考验智力的解谜游戏，也有充满暴力的战斗游戏。在这个过程中，有栖川仁乃不断成长，从最初的迷茫恐惧，逐渐变得勇敢且智慧。他们努力寻找离开这个世界的方法，同时也在残酷的游戏中坚守着人性与友情，共同对抗着未知的命运和致命的挑战。