《情事缉私档案国语2002》围绕海关调查科的故事展开。海关调查科督察周耀祖为人正直，工作能力出色。他与下属何奇通、赵志豪等一同处理各类走私案件。在工作中，他们遭遇了形形色色的走私犯，有狡猾的团伙头目，也有被利益诱惑的普通人。周耀祖在感情方面也有着自己的故事，他与海关女关员叶敏发展出一段感情。然而，工作的压力和危险时常影响着他们的关系。同时，团队内部也并非一帆风顺，成员之间偶尔会因为意见不合产生矛盾，但在面对重大走私案件时，他们总能团结一致，凭借智慧和勇气将走私犯绳之以法，维护了海关的秩序和国家的利益。