《舰队收藏 剧场版》以人类与深海栖舰的战斗为背景。故事中，镇守府的舰娘们承担着守护人类的重任。吹雪、白雪、初雪等吹雪型驱逐舰，还有金刚、比叡等金刚型战列巡洋舰等舰娘齐聚。在一次行动中，她们遭遇了强大的深海栖舰攻击。面对来势汹汹的敌人，舰娘们起初陷入苦战，部分舰娘受伤。但她们没有放弃，重新调整战术。在战斗关键时刻，长门等主力舰娘发挥强大火力，与其他舰娘紧密配合，最终成功击退深海栖舰，守护了人类的安全，也展现出舰娘们之间深厚的羁绊和为守护而战的决心。