《兹山鱼谱》以朝鲜实学派学者丁若铨的经历展开。丁若铨因卷入政治斗争被流放到黑山岛。在岛上，他遇到了渔夫昌大。起初，丁若铨一心沉浸在学问中，试图完成《兹山鱼谱》，但他对岛上生活和渔夫的劳作并不十分了解。昌大则是土生土长的渔夫，熟悉大海和各种鱼类。随着相处，两人从陌生到相互理解。昌大向丁若铨传授捕鱼知识和鱼类习性，丁若铨也将自己的学识分享给昌大。在这个过程中，他们不仅完成了《兹山鱼谱》，更建立了深厚的情谊。影片通过两人的故事，展现了不同阶层之间的交流与融合，以及对知识和自然的尊重。