《云的彼端，约定的地方》故事发生在一个被分割的日本，北海道独立，本州被美军占领。少年藤泽浩纪和好友白川拓也都喜欢上了少女泽渡佐由理。三人约定一起制造一架能飞到北海道那座塔的飞机。然而佐由理突然病倒陷入昏迷，拓也去了东京，浩纪则留在小镇继续造飞机。多年后，浩纪得知佐由理在东京的疗养院，便前往寻找。同时，拓也参与了军方利用塔的实验，这个实验可能会唤醒佐由理，但也有巨大风险。浩纪在寻找佐由理的过程中不断回忆起过去，最终在塔启动的关键时刻，他与佐由理的意识产生了奇妙的连接，故事在充满希望与迷茫的氛围中走向结局，展现了青春的梦想、爱情与无奈。