《X战警97第一季》延续经典动画风格，带领观众重回变种人世界。X教授领导的X战警们，致力于让人类与变种人和平共处，然而他们面临着诸多挑战。万磁王坚信变种人应统治人类，他与X战警理念相悖，双方冲突不断。在一次行动中，魔形女伪装潜入X战警基地窃取机密，引发激烈战斗。与此同时，邪恶变种人团体“兄弟会”四处制造混乱，企图挑起人类对变种人的仇恨。暴风女、金刚狼、镭射眼等X战警成员各展所长，与敌人斗智斗勇。他们不仅要应对外部敌人，内部也存在矛盾与分歧。但在一次次危机中，X战警们逐渐团结，为守护变种人与人类的未来而战。