《某科学的超电磁炮第二季》延续第一季剧情，聚焦学园都市中拥有超能力的少女们。御坂美琴作为能力排名第三的超电磁炮，继续在学园都市展开精彩故事。她与好友白井黑子、初春饰利、佐天泪子活跃在学园都市各个角落。本季中，学园都市暗流涌动，出现了一系列神秘事件。先是发生了连续盗窃案，受害者均是能力者，美琴等人开始调查真相。接着，又出现了针对学园都市高层的刺杀行动，美琴凭借自身能力多次化解危机。在这个过程中，美琴结识了新的伙伴，也遭遇了强大的敌人。她不断成长，不仅在战斗中提升了自己的能力，还更加深刻地理解了友情和正义的含义，带领大家共同守护学园都市的和平。