《虐童疑云》故事发生在 1964 年的纽约天主教学校。学校里，强硬的女校长阿洛伊斯修女听闻了神父弗林与一名黑人学生有不当接触的传闻。阿洛伊斯修女坚信弗林神父虐待了孩子，决心展开调查。她先是找与神父接触密切的学生唐纳德的母亲谈话，却未得到有效信息。之后又在学校会议上公开质疑弗林神父，引发了激烈冲突。弗林神父极力否认指控，坚称自己的清白。在没有确凿证据的情况下，双方陷入了僵持。最终，阿洛伊斯修女用手段迫使弗林神父离开学校，但她内心也充满了怀疑与不安，不确定自己的判断是否正确。影片通过这场虐童疑云，展现了人性的复杂和信仰与怀疑的冲突。