电影《秘密花园》聚焦于小女孩玛丽，她原本生活在印度，一场霍乱夺走了父母的生命，她被送往英国约克郡的米瑟斯韦特庄园，与古怪孤僻的姑父阿奇博尔德·克雷文生活。庄园里弥漫着神秘的氛围，有一座被封闭十年的秘密花园。玛丽偶然发现了花园的钥匙和入口，在知更鸟的引导下进入其中。她还结识了女仆玛莎的弟弟迪肯，迪肯能与动物交流，在他的帮助下，花园逐渐恢复生机。同时，玛丽发现了姑父的儿子柯林，柯林长期卧病在床，认为自己会驼背夭折。玛丽带柯林进入秘密花园，在自然的滋养和友情的陪伴下，柯林重新找回生活的勇气，身体也逐渐康复。最终，姑父归来，看到焕然一新的花园和健康的儿子，一家人迎来了美好的转变。