《特种部队：蛇眼起源》围绕蛇眼展开。蛇眼幼时目睹父亲被杀害，复仇的种子在心中种下。机缘巧合下，他结识了岚影一族的首领汤米。汤米邀请蛇眼加入岚影一族，教他武艺和忍术，蛇眼欣然前往日本。在那里，他经历了严格训练，逐渐成长。然而，蛇眼的过去被神秘组织盯上，组织企图利用他引出岚影一族的秘密。随着危机逼近，蛇眼发现汤米的妹妹对他心存怀疑，族内也有人对他的身份和目的产生猜忌。在重重困境中，蛇眼不仅要面对外部敌人的威胁，还要化解族内的信任危机，最终他凭借自身的勇气和智慧，在守护岚影一族的同时，也为自己的过去画上了句号。