《蜘蛛侠：平行宇宙2》承接前作，迈尔斯·莫拉莱斯继续在布鲁克林以蜘蛛侠身份守护城市。他意外受邀加入多元宇宙蜘蛛侠联盟，见识到众多不同版本的蜘蛛侠。然而，联盟领导者米格尔·奥哈拉却告知迈尔斯，每个蜘蛛侠都有既定的命运轨迹，若不遵循会导致多元宇宙崩塌。迈尔斯发现自己父亲成为警察局长这一事件与所谓的“命运”冲突，他拒绝接受这种设定，与联盟产生分歧。之后，迈尔斯在多元宇宙中展开逃亡，同时努力寻找拯救自己宇宙和父亲的方法，还结识了新伙伴蜘蛛格温等，他们在多元宇宙的冒险中不断成长，共同对抗未知的危机。