《萨拉戈萨手稿》围绕士兵阿尔方索展开。他在前往萨拉戈萨的途中，于客栈借宿时，开始讲述自己的奇幻经历。他遇到了神秘的伯爵夫人，陷入了一系列充满魔幻与悬疑的事件中。故事里有幽灵、魔法、神秘的仪式，还有各种奇异的生物。阿尔方索不断在现实与虚幻间徘徊，每一次转折都让人意想不到。随着他的讲述，一个个离奇的故事相互交织，展现出一个光怪陆离的世界。影片通过独特的叙事手法，将观众带入一个充满想象力的空间，探讨了人性、欲望和命运等主题。