《世界征服～谋略之星～》的故事围绕着高中生结城昴展开。结城昴原本过着平凡的生活，却意外被神秘美少女司盯上。司来自企图征服世界的秘密组织“人类黎明会”，她看中了结城昴的头脑，想拉他入伙一起完成征服世界的大业。结城昴起初拒绝，但在司的各种威逼利诱下，无奈加入。此后，他们一边要应对组织内部其他成员的竞争与猜忌，一边还要面对来自正义一方的阻挠。在这个过程中，结城昴运用自己的智慧一次次化解危机，同时也和司等人建立了深厚的情谊，而他们的世界征服计划也在一系列波折中不断推进。