《上帝未死》围绕大学生乔什展开。乔什在大学课堂上，遭遇了强硬的无神论教授杰里米。教授要求学生们签署“上帝已死”的声明，乔什勇敢拒绝，并决定在课堂上为上帝的存在进行辩护。这一行为引发了教授的强烈不满，两人在课堂上展开了激烈的辩论。与此同时，影片还穿插了其他几条故事线。传教士哈米德在中东地区传教，面临着生命危险；艾美是乔什的同学，她因信仰问题与母亲产生了矛盾；新闻记者凯特在采访中逐渐对信仰有了新的认识。最终，乔什在法庭般的课堂辩论中成功捍卫了自己的信仰，也让更多人开始重新思考上帝是否存在这一深刻的问题。