《福音战士新剧场版：破》延续了前作的故事，主角碇真嗣依旧在复杂的世界中挣扎。故事中，人类面临着使徒的威胁，碇真嗣驾驶着初号机与使徒展开战斗。在一次战斗中，初号机展现出惊人的力量，暴走后将使徒击败。同时，新角色明日香登场，她驾驶二号机，性格傲娇且实力强劲，与碇真嗣产生了诸多互动和摩擦。随着剧情推进，碇真嗣等人发现了 NERV 组织背后隐藏的秘密，SEELE 组织也在暗中推动着某些计划。在后续的战斗里，二号机遭遇强大使徒，陷入苦战，最终明日香也陷入危机。而碇真嗣在不断的战斗和内心挣扎中，逐渐成长，影片结尾，碇真嗣等人又将面临新的挑战。