《装甲骑兵 孤影再临》延续了《装甲骑兵》系列的世界观，故事围绕着装甲骑兵部队展开。在一个战火纷飞、资源争夺激烈的未来世界，各方势力为了生存和发展不断争斗。主角是一名经验丰富却又带着神秘过往的装甲骑兵，他曾因某些事件离开部队，成为孤独的战士。然而，当世界局势愈发危急，他不得不再次披挂上阵。在战斗中，他驾驶着强大的装甲骑兵机体，与敌人展开惊心动魄的对决。他不仅要面对外部敌人的威胁，还要处理部队内部的矛盾和阴谋。随着剧情推进，他逐渐揭开了一个涉及多方利益的巨大阴谋，而他的选择将决定整个世界的命运。