哈利·波特在霍格沃茨的第三个学年充满了危险与神秘。阿兹卡班的囚徒小天狼星·布莱克越狱，传言他是伏地魔的忠实追随者，还曾背叛哈利的父母致其死亡，整个魔法世界都陷入恐慌，霍格沃茨也加强了安保，由摄魂怪驻守。哈利在去学校的火车上首次遭遇摄魂怪，身体出现异样。在学校里，他不断听到奇怪声音，还发现自己能看见神秘的夜骐。随着剧情发展，哈利得知小天狼星似乎在暗中接近他。后来真相逐渐浮出水面，原来小天狼星是哈利的教父，当年是小矮星彼得背叛了哈利父母，小天狼星是被冤枉的。最终，哈利、赫敏利用时间转换器拯救了小天狼星，也让真相大白。