《苍穹的法芙娜 THE BEYOND》的故事发生在被称为“芙蕾雅”的人工浮岛。突然出现的神秘敌人“诺恩”对人类展开攻击，岛上的少年少女们不得不肩负起战斗的使命。主角天城雄大等学生原本过着普通的校园生活，却因“诺恩”的来袭而被卷入残酷的战争。他们驾驶着名为“法芙娜”的机体与“诺恩”作战，在战斗中不断成长。随着剧情推进，他们逐渐揭开“诺恩”和自身存在的秘密，发现背后有着更为复杂的阴谋。在这个过程中，少年少女们不仅要面对外部敌人，还要处理彼此之间的情感纠葛和内心的挣扎，展现出了在绝境中不屈的勇气和对未来的希望。