《福音战士新剧场版：Q》承接前作剧情，真嗣在被封印 14 年后苏醒，此时世界已面目全非。人类补完计划部分启动，NERV 总部被摧毁，碇源堂失踪。真嗣加入 WILLE 组织，与明日香、玛丽等人一同行动。他们接到任务，要阻止使徒引发第三次冲击。在执行任务过程中，真嗣驾驶的初号机与零号机、八号机等展开战斗。战斗中诸多谜团逐渐揭开，比如零号机的异常、初号机的特殊能力等。真嗣也在不断面对内心的挣扎与成长，他要在复杂的局势和人际关系中重新寻找自己存在的意义，影片充满了激烈的战斗场面与深刻的哲学思考。