《三个基督》聚焦于精神科医生丹尼尔·保罗·施赖伯医院里的特殊状况。医院中，有三位患者都坚称自己是耶稣基督。一位是沉默寡言但眼神坚定的老约翰，他认为自己的使命是拯救世人；另一位是脾气暴躁的彼得，常因他人不认同自己的身份而大发雷霆；还有温和善良的托马斯，他总是试图用爱去感化周围的人。医生杰罗姆·霍洛维茨试图通过与他们交流，解开他们的精神枷锁。在治疗过程中，三位“基督”之间产生了各种摩擦和碰撞，也逐渐展现出各自背后隐藏的痛苦经历。随着故事推进，霍洛维茨医生也在这场特殊的治疗中对人性和信仰有了新的认识。