《X档案第三季》延续前两季风格，继续讲述联邦调查局探员福克斯·穆德和达娜·斯嘉丽调查超自然案件的故事。穆德因对超自然现象的痴迷，执着于寻找外星生命和政府阴谋的证据；斯嘉丽则以科学理性的思维协助他，同时也试图用科学解释那些奇异事件。 本季中，他们遭遇诸多离奇案件。有神秘的外星绑架事件，受害者记忆缺失，身上还出现奇怪伤痕；还有能操控天气的神秘力量，引发暴雨、飓风等极端天气。在调查过程中，穆德和斯嘉丽与政府高层的矛盾不断升级，他们发现自己的行动被监视，甚至生命也受到威胁。但两人始终坚守信念，相互支持，共同揭开一个又一个谜团。此外，本季还进一步深化了主线剧情，外星阴谋逐渐浮出水面，为后续故事发展埋下伏笔。