《危机边缘第二季》延续第一季剧情，FBI 女特工奥利维亚继续与神秘科学家沃尔特及其儿子彼得一同调查各种超自然案件。本季中，他们遭遇了更多离奇事件，如能让人产生幻觉的神秘气体、可操控电子设备的超能力者等。随着调查深入，他们发现这些事件背后似乎有一个庞大的阴谋。同时，奥利维亚开始频繁出现记忆错乱，她逐渐意识到自己的过去与这些神秘事件有着千丝万缕的联系。沃尔特则在实验室中不断探索，试图解开各种谜题。而平行世界的概念在本季进一步展开，两个世界的交集越来越多，冲突也逐渐升级，各方势力在危机边缘展开了一场惊心动魄的较量。