《魔法少女网站》讲述了性格内向、饱受校园欺凌的少女雨宫响，在偶然间进入了魔法少女网站并获得了魔法少女的能力。她本以为生活能就此改变，却不知这背后隐藏着残酷的真相。网站规定，魔法少女们需要互相残杀，最后存活的人才能实现一个愿望。雨宫响结识了同为魔法少女的仁美，两人起初相互扶持。然而，随着战斗的展开，各种强大且心怀鬼胎的魔法少女不断出现。有的为了实现自己的私欲，有的被仇恨蒙蔽双眼，纷纷加入这场血腥的厮杀。雨宫响在这个过程中不断成长，努力保护自己和身边重要的人，在残酷的魔法少女战斗中艰难求生。