《命运/外典》的故事舞台设定在与《Fate/stay night》等作品不同的世界。故事围绕着时钟塔的学生藤丸立香等人展开。立香所在的班级被卷入了一场特殊的圣杯战争，他们要面对各种强大的从者。在这个过程中，立香结识了众多性格各异的伙伴，像拥有特殊能力的玛修·基列莱特，她与立香并肩作战，共同应对危机。他们遭遇了来自各方的敌人，有企图利用圣杯达成自己野心的邪恶势力，也有强大且神秘的从者。在一次次战斗中，立香等人不断成长，逐渐揭开这场圣杯战争背后隐藏的巨大阴谋，他们为了守护自己珍视的东西，在充满危险与挑战的命运之路上不断前行。