《欢迎来到实力至上主义教室第二季》延续第一季的故事，继续围绕高度育成高中展开。绫小路清隆所在的 D 班，虽在第一季有一定成长，但仍面临诸多挑战。新学期，学校开展新的特别考试，规则复杂且充满陷阱。在荒岛求生考试中，各班级需收集积分，同时要应对其他班级的策略。堀北铃音一心带领 D 班提升排名，与绫小路清隆合作，却不知绫小路深藏不露的实力。栉田桔梗表面与班级同学友好，实则心怀鬼胎，为达目的不惜暗中使坏。随着考试推进，班级间的竞争愈发激烈，D 班内部也出现矛盾与分歧。同学们在一次次考验中不断成长，逐渐揭开学校实力至上主义背后的真相。