《刀剑神域第三季》故事舞台转移到了全新的虚拟世界“Under World”。主角桐人在现实中陷入昏迷，意识却被投入到这个世界。在这里，他以“桐人”的身份开始了新的冒险，结识了尤吉欧。两人一同在圣托利亚学院学习，立志成为整合骑士。然而，这个世界存在着诸多秘密和规则限制，他们在成长过程中不断突破自我，与各种敌人战斗。 随着剧情推进，他们发现了“Under World”背后的真相，原来这是人类为了研究人工智能而创造的世界。桐人等人与管理这个世界的“最高祭司”展开了激烈对抗，在战斗中不断成长和觉醒。同时，爱丽丝也在经历一系列事件后找回自我，与桐人、尤吉欧并肩作战，共同为了“Under World”的自由和未来而努力。