《代号Qualidea》的故事发生在人类与被称为“阿比斯”的异形生物战斗的世界。主角犬饲一树是一名拥有特殊能力的少年，他所在的Qualidea部队是对抗阿比斯的重要力量。部队成员们各怀绝技，像拥有强大近战能力的神乐坂明日菜，以及擅长远程攻击的白鸟香澄等。他们在一次次与阿比斯的战斗中，不断成长，也面临着各种危机。在执行任务过程中，他们不仅要应对阿比斯的强大攻击，还要处理内部的矛盾和分歧。随着剧情发展，他们逐渐揭开阿比斯背后隐藏的秘密，而这个秘密可能会改变整个人类与阿比斯的战斗局势。