《奇蛋物语》围绕着高中生大户爱在失去挚友后展开。某天，爱捡到一颗奇蛋，在神秘人“管理员”的指引下，她进入了一个奇妙的世界。在这里，她需要击败怪物“噩梦”来拯救被困在蛋中的少女。随着故事推进，爱结识了同样持有奇蛋的同学泽木桃惠、川井梨瑠和大户唯。她们各自怀揣着不同的伤痛与秘密，桃惠是为了拯救曾霸凌自己的女孩，梨瑠则是想拯救因性别认同问题而自杀的好友。在战斗过程中，她们不断成长，也逐渐揭开了“管理员”背后的真相。每一次与“噩梦”的战斗，不仅是对身体的考验，更是对心灵的洗礼，她们在相互扶持中直面内心的恐惧与创伤，努力找回失去的珍贵之物。