《女神异闻录5》围绕主人公「JOKER」展开。他因莫须有的罪名被转学至东京，入住了佐仓双叶母亲开的咖啡店「天鹅绒房间」附近。在那里，他结识了一群志同道合的伙伴。他们发现自己拥有特殊能力，能进入异世界「殿堂」。殿堂是扭曲欲望的具现化，里面的统治者代表着现实中为非作歹之人。 主人公与伙伴们组成「心之怪盗团」，他们身着时尚的怪盗服饰，潜入各个殿堂。在探索过程中，会遭遇各种强大的怪物，他们凭借觉醒的「Persona」之力与之战斗。比如在某个政治家的殿堂中，怪盗团成员们巧妙地破解机关，躲避陷阱，与政治家的欲望化身展开激烈交锋。他们不仅要面对战斗的挑战，还要处理现实生活中的人际关系和学业问题。最终，怪盗团能否改变那些恶人的内心，让社会变得更加美好，成为故事的一大看点。